税理士に相談したい訳あり不動産売却の税金問題

2026年6月15日2026年6月16日

【まずは結論】

訳あり不動産を売ると売却益（譲渡所得）に対して譲渡所得税がかかることがあり、所有5年以下なら39.63%、5年超なら20.315%の税率です。相続した空き家の3,000万円特別控除や取得費加算の特例など税負担を軽くできる特例がありますが、要件が細かく適用の判断は専門的なため、税理士への相談が大切です。不動産会社は税務申告を代理できないため税金のことは税理士に相談する必要がありますが、税理士と連携している不動産会社なら売却と税金をまとめて相談できます。

訳あり不動産を売ると税金がかかることがあります。税率や特例を知らずに売ると、思わぬ税負担に驚いたり使える特例を逃したりすることも。税理士に相談したい税金問題を知っておきましょう。

この記事では税理士に相談したい訳あり不動産売却の税金問題を一覧表とともに解説します。なお当社は不動産会社であり、税務申告の代理を行う立場ではないため、税金は税理士へ連携・紹介する形でサポートしています。

訳あり不動産売却にかかる税金

税金・項目	内容
譲渡所得税	売却益にかかる税金（所得税・住民税）
短期（5年以下）	税率39.63%
長期（5年超）	税率20.315%
確定申告	売却の翌年2月16日〜3月15日に申告

譲渡所得税とは

まず訳あり不動産を売ったときにかかる、譲渡所得税について整理しましょう。不動産を売って利益（譲渡所得）が出た場合、その利益に対して譲渡所得税（所得税と住民税）がかかります。譲渡所得は「売却価格 −（取得費 + 譲渡費用）」で計算されます。取得費とはその不動産を買ったときの代金や費用、譲渡費用とは売るときにかかった仲介手数料などの費用です。つまり売却価格から、買ったときの費用と売るときの費用を差し引いた残りの利益に税金がかかるという仕組みです。逆に売却価格より取得費や譲渡費用のほうが高く、利益が出ない（譲渡所得がマイナス）場合は譲渡所得税はかかりません。訳あり物件は価格が低くなりがちなので利益が出ず税金がかからないこともありますが、相続した古い物件など取得費が低い場合は利益が出て税金がかかることもあります。譲渡所得税の仕組みを知っておくことが、税金問題を考える第一歩です。利益が出れば税金がかかります。まずは仕組みを理解しましょう。

所有期間で税率が変わる

譲渡所得税で知っておきたいのが、所有期間によって税率が変わるということです。譲渡所得税の税率は、その不動産をどのくらいの期間所有していたかによって異なります。売った年の1月1日時点で所有期間が5年以下の場合は「短期譲渡所得」となり、税率は39.63%（所得税30.63%＋住民税9%）です。所有期間が5年を超える場合は「長期譲渡所得」となり、税率は20.315%（所得税15.315%＋住民税5%）です。このように短期と長期では税率が約2倍も違います。👉 計算例：譲渡所得（利益）が1,000万円の場合、短期なら約396万円、長期なら約203万円の税金がかかる計算です。所有期間によって税負担が大きく変わるのです。相続した不動産の場合、所有期間は亡くなった方が取得したときから数える（相続人が引き継ぐ）ため、古くから所有していた物件なら長期譲渡所得になることが多いです。所有期間によって税率が変わることを知っておきましょう。長期のほうが税負担は軽くなります。税率の違いは大きな差になります。

取得費が分からない場合

譲渡所得税を計算するうえで問題になりやすいのが、取得費が分からない場合です。譲渡所得は「売却価格 −（取得費 + 譲渡費用）」で計算するため、取得費がいくらだったかが重要になります。しかし相続した古い不動産などでは、いついくらで買ったのかが分かる購入時の契約書などの書類が残っていないことがよくあります。取得費が分からない場合は「概算取得費」として売却価格の5%を取得費とみなして計算することができます。ただし概算取得費（売却価格の5%）は実際の取得費より低くなることが多く、その分だけ譲渡所得（利益）が大きく計算され税金が高くなりがちです。たとえば1,000万円で売った物件の取得費が分からないと、概算取得費は50万円となり、譲渡所得が大きくなって税金が高くなってしまいます。取得費をできるだけ正確に把握することが、税負担を抑えるうえで重要です。購入時の契約書などがないか確認しましょう。取得費の証明が難しい場合は税理士に相談すると、ほかに証明できる資料がないかアドバイスをもらえます。取得費の問題は税理士に相談する価値があります。取得費が税額を左右します。

税負担を軽くする特例

特例	内容
3,000万円特別控除	居住用・相続空き家の譲渡益から最大3,000万円控除
取得費加算の特例	相続税の一部を取得費に加算できる
軽減税率	所有10年超の居住用は税率が軽減
適用には要件	細かい要件があり判断は専門的

3,000万円特別控除

税負担を軽くする特例として、代表的なのが3,000万円特別控除です。これは一定の要件を満たす不動産を売った場合、譲渡所得（売却益）から最大3,000万円を控除できるという特例です。自分が住んでいた家（居住用財産）を売る場合に使える「居住用財産の3,000万円特別控除」と、相続した空き家を売る場合に使える「被相続人の居住用財産（空き家）に係る譲渡所得の特別控除」があります。この特例を使えば譲渡所得から3,000万円が控除されるため、譲渡所得が3,000万円以下なら税金がゼロになることもあります。特に相続した空き家の特例は、訳あり物件の売却で活用できることがあります。ただし相続空き家の特例には、1981年5月31日以前に建てられた家であること、被相続人が一人で住んでいたこと、相続日から3年を経過する年の12月31日までに売ること、譲渡対価が1億円以下であること、耐震基準を満たすか取り壊すことなど、細かい要件があります。これらの要件を満たすかどうかの判断は専門的ですので、税理士に相談することが大切です。大きな節税につながる特例ですので、使えるかどうか確認しましょう。3,000万円控除は強力な特例です。要件をしっかり確認しましょう。

取得費加算の特例

税負担を軽くする特例として、取得費加算の特例もあります。これは相続した不動産を売る場合に、相続のときに支払った相続税の一部を取得費に加算できるという特例です。取得費が増えればその分だけ譲渡所得（利益）が小さくなり、譲渡所得税が軽くなります。この特例は相続税を納めた人が、相続した不動産を一定の期間内に売った場合に使えます。具体的には相続税の申告期限（相続開始を知った日の翌日から10か月）の翌日から3年以内に売る必要があります。つまり相続税を納めた場合は、この期限内に売れば相続税の一部を取得費に加算でき、譲渡所得税を軽くできるのです。ただしこの取得費加算の特例は、前述の相続空き家の3,000万円控除とは併用できないなど、適用に細かいルールがあります。どちらの特例を使うのが有利かは状況によって異なり、判断が専門的ですので税理士に相談することが大切です。相続税を納めた方は取得費加算の特例が使えるか確認しましょう。期限内の売却が節税の鍵です。特例の組み合わせも専門的です。税理士に相談しましょう。

特例の適用は専門的な判断が必要

税負担を軽くする特例は、適用に専門的な判断が必要です。3,000万円特別控除や取得費加算の特例、所有10年超の居住用財産の軽減税率など、不動産の売却には税負担を軽くできるさまざまな特例があります。しかしこれらの特例にはそれぞれ細かい要件があり、どの特例が使えるか、どの特例を使うのが最も有利かという判断は、税金の専門知識がないと非常に難しいものです。たとえば相続空き家の3,000万円控除と取得費加算の特例は、併用できなかったり要件が複雑だったりします。こうした特例を正しく理解し適用するには税理士の力が欠かせません。特例を知らずに、または適用を誤って売ってしまうと、本来軽くできたはずの税金を払いすぎてしまうことになります。「自分は特例が使えるのか」「どの特例が有利か」を正しく判断するためにも、訳あり不動産を売る際は税理士に相談することが大切です。特例の判断は税理士に任せましょう。専門家の判断が節税につながります。払いすぎを防げます。税金は専門家に相談する価値があります。

税理士に相談すべきケースと進め方

相談すべきケース	内容
売却益が出そう	譲渡所得税や特例の適用を確認
相続物件を売る	相続税・取得費加算・空き家特例
取得費が分からない	概算取得費や証明の相談
確定申告が必要	申告の方法や書類を相談

売却益が出そうなとき

税理士に相談すべきケースの一つが、売却益（譲渡所得）が出そうなときです。訳あり物件でも相続した古い物件など取得費が低い場合は、売却益が出て譲渡所得税がかかることがあります。売却益が出そうな場合は、税金がいくらかかるのか、どの特例が使えて税負担を軽くできるのかを税理士に相談しましょう。税理士に相談すれば、譲渡所得税の見込みや使える特例、節税の方法などを教えてもらえます。事前に税金の見込みを知っておけば「売ったら思ったより税金がかかった」という驚きを避けられますし、特例を使って税負担を軽くすることもできます。逆に税理士に相談せずに売ると、使えるはずの特例を逃したり申告を誤ったりして損をすることがあります。売却益が出そうなときは、売る前に税理士に相談して税金の見込みと節税の方法を確認することが大切です。事前の相談が損を防ぎます。税金の見込みを知っておきましょう。売る前の確認が大切です。

相続物件を売るとき

税理士に相談すべきケースとして、相続物件を売るときも挙げられます。相続した不動産を売る場合、譲渡所得税だけでなく相続税や相続ならではの特例も関わってきます。相続税を納めた場合は取得費加算の特例が使える可能性があり、相続した空き家を売る場合は3,000万円特別控除が使える可能性があります。これらの特例は相続日からの期限（3,000万円控除は相続日から3年を経過する年の12月31日まで、取得費加算は相続税の申告期限の翌日から3年以内）があり、どの特例を使うのが有利かの判断も専門的です。また相続税の申告（相続開始を知った日の翌日から10か月以内）が必要な場合もあります。相続物件の税金は複雑なため、税理士に相談することが特に大切です。税理士に相談すれば、相続税や譲渡所得税、各種特例を総合的にふまえて、最も有利な売り方や節税の方法をアドバイスしてもらえます。相続物件を売るなら税理士への相談が欠かせません。相続の税金は特に複雑です。専門家の力が必要です。期限にも注意しましょう。

税理士と連携する不動産会社に相談する

訳あり不動産を売る際の税金問題は、税理士と連携する不動産会社に相談するのが効率的です。不動産会社は物件の査定や売却、買取を担当しますが、税務申告を本人に代わって行うことは税理士法により税理士でなければできません。ですから税金のことは税理士に相談する必要があります。しかし自分で別々に税理士と不動産会社を探すのは手間がかかります。そこで税理士と連携している訳あり物件に強い不動産会社に相談すれば、売却の相談と税金の相談をまとめて進められます。不動産会社が物件を査定し、税金の見込みや特例について税理士に確認してくれたり、必要に応じて税理士を紹介してくれたりします。これにより「いくらで売れて、税金はいくらで、どの特例が使えて、手元にいくら残るか」を総合的に把握したうえで売却を進められます。不動産会社（売却）と税理士（税金）が連携することで、税金面でも損のない売却ができます。税金が心配なら税理士と連携する不動産会社に相談しましょう。連携体制が安心につながります。まとめて相談できるのが便利です。確定申告（売却の翌年2月16日〜3月15日）の相談もできます。

確定申告の進め方

申告が必要なケースを確認する

訳あり不動産を売ったときに、確定申告が必要かどうかをまず確認しましょう。不動産を売って利益（譲渡所得）が出た場合は、原則として確定申告が必要です。また3,000万円特別控除などの特例を使う場合は、利益が出ていなくても特例を適用するために確定申告が必要になります。一方で売却で利益が出ず特例も使わない場合は、確定申告は不要なこともあります。「自分は申告が必要なのか」が分からない場合は、税理士に相談すると確認してもらえます。申告が必要かどうかは早めに確認しておくことが大切です。利益が出たら申告が必要と考えましょう。特例を使う場合も申告が必要です。

必要書類と申告期間を知る

確定申告を進めるには、必要書類と申告期間を知っておくことが大切です。確定申告に必要な書類には、売買契約書（購入時と売却時）や譲渡費用の領収書、登記事項証明書などがあります。これらの書類をもとに譲渡所得を計算し申告します。申告の期間は、売却した翌年の2月16日から3月15日までです。この期間内に申告と納税を行う必要があります。特に取得費を証明する購入時の契約書などは税額を左右する重要な書類ですので、早めに準備しておきましょう。必要書類と期間を知っておけば、慌てずに申告できます。申告期間は翌年2月16日〜3月15日です。書類は早めにそろえましょう。

税理士に依頼するメリット

確定申告は自分で行うこともできますが、訳あり不動産の売却では税理士に依頼するメリットが大きいです。不動産の譲渡所得の計算は、取得費や譲渡費用、各種特例の適用など専門的で複雑です。税理士に依頼すれば正確に譲渡所得を計算してもらえるだけでなく、使える特例をもれなく適用して税負担を最小限に抑えてもらえます。自分で申告して特例を使い忘れたり計算を誤ったりすると、税金を払いすぎたり後から税務署の指摘を受けたりするリスクがあります。正確で有利な申告のためには、税理士に依頼するのが安心です。なお不動産会社は税務申告を代理できませんので、申告は税理士が担当します。税理士と連携した不動産会社なら、売却と申告をスムーズにつなげます。申告は専門家に任せると安心です。税理士の力で損のない申告を目指しましょう。

専門家コメント｜さくら都市デザイン株式会社代表櫻井佑樹

「訳あり不動産を売ると税金はどうなりますか」というご相談をよくいただきます。はじめにお伝えしておきますと、私たちは不動産会社であり、税務申告を本人に代わって行うことは税理士法により税理士でなければできません。ですから税金のことは税理士へおつなぎする形になります。そのうえでお答えすると、不動産を売って利益（譲渡所得）が出た場合、譲渡所得税がかかります。譲渡所得は「売却価格−（取得費＋譲渡費用）」で計算し、税率は所有期間によって変わり、売った年の1月1日時点で所有5年以下なら39.63%、5年超なら20.315%です。所有期間によって税率が約2倍も違いますので、大きな差になります。また相続した古い物件などで購入時の契約書がなく取得費が分からない場合は、概算取得費（売却価格の5%）で計算しますが、これは実際より低くなりがちで税金が高くなることがあります。一方で相続した空き家の3,000万円特別控除や、相続税を納めた場合の取得費加算の特例など、税負担を軽くできる特例もあります。

これらの特例は大きな節税につながりますが、それぞれに細かい要件があります。たとえば相続空き家の3,000万円控除は、1981年5月31日以前の建築、被相続人が一人で居住、相続日から3年を経過する年の12月31日までに売却、譲渡対価1億円以下、耐震基準を満たすか取り壊し、といった要件があり、取得費加算の特例は相続税の申告期限の翌日から3年以内、といった期限があります。どの特例が使えてどれを使うのが最も有利かの判断は、税金の専門知識がないと非常に難しく、誤ると本来軽くできたはずの税金を払いすぎてしまいます。ですから訳あり不動産、特に相続物件を売る際は税理士にご相談いただくことが大切です。私たちのような訳あり物件に強い不動産会社は税理士と連携しておりますので、物件の査定とあわせて税金の見込みや使える特例についても税理士と連携してご案内できます。「いくらで売れて、税金はいくらで、どの特例が使えて、手元にいくら残るか」を総合的に把握したうえで売却を進めていただけます。確定申告（売却の翌年2月16日〜3月15日）の相談も含め、税金面でも損のないよう税理士と連携してサポートしますので、まずはお気軽にご相談ください。

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よくある質問

不動産を売ると税金がかかる？

売却益が出れば譲渡所得税がかかります。

譲渡所得税の税率は？

所有5年以下39.63%・5年超20.315%です。

利益が出なければ非課税？

譲渡所得がマイナスなら税金はかかりません。

取得費が分からないときは？

売却価格の5%を概算取得費にできます。

3,000万円控除とは？

譲渡益から最大3,000万円を控除できる特例です。

相続空き家でも特例は使える？

要件を満たせば空き家特例が使えます。

取得費加算の特例とは？

相続税の一部を取得費に加算できる特例です。

確定申告は必要？

売却益が出たら翌年2/16〜3/15に申告します。

不動産会社は税務申告できる？

税務申告は税理士でないとできません。

どこに相談すればいい？

税理士と連携した不動産会社に相談します。

まとめ

訳あり不動産を売って利益（譲渡所得）が出た場合、譲渡所得税がかかります。譲渡所得は「売却価格−（取得費＋譲渡費用）」で計算し、税率は所有期間によって変わり、売った年の1月1日時点で所有5年以下なら39.63%、5年超なら20.315%です。相続した古い物件などで取得費が分からない場合は概算取得費（売却価格の5%）で計算しますが、実際より低くなり税金が高くなりがちです。一方で相続した空き家の3,000万円特別控除や、相続税を納めた場合の取得費加算の特例など、税負担を軽くできる特例もあります。これらの特例は大きな節税につながりますが、細かい要件や期限があり、どれを使うのが有利かの判断は専門的です。

特例を知らずに、または適用を誤って売ると、本来軽くできたはずの税金を払いすぎてしまいます。ですから売却益が出そうなとき、相続物件を売るとき、取得費が分からないとき、確定申告（売却の翌年2月16日〜3月15日）が必要なときは、税理士に相談することが大切です。不動産会社は税務申告を代理できませんので税金は税理士の専門分野になりますが、税理士と連携している訳あり物件に強い不動産会社に相談すれば、物件の査定とあわせて税金の見込みや使える特例についても税理士と連携して案内してもらえます。「いくらで売れて、税金はいくらで、手元にいくら残るか」を総合的に把握して売却を進められますので、税金が心配な方は税理士と連携した不動産会社にご相談ください。まずはお気軽にご相談ください。